נמלטים 3

נמלטים 3 ממשיך את חייו של מייקל סקופילד מאחורי הסורגים בכלא "סונה". כלא זה אינו כלא רגיל ומשמש לכליאה של הפושעים הכי גדולים. סקופילד לאט לאט מבין שהוא חייב ללמוד לשרוד בכלא הזה ולהתחבר עם האנשים הנכונים כדי להמשיך לחיות ולתכנן את הבריחה שלו גם משם. בראש הכלא עומד אדם בשם לאצ'רו שהוא מתפקד בתור מפקד הכלא וכל מה שהוא אומר קדוש וצריך לבצע. ללאצ'רו יש כמה עוזרים שהם חסינים מפניו. אך מייקל לא ממהר להתחבב עליו ודווקא לרוב עושה להפך. במשך העונה מייקל ולינקולן מבינים שמייקל לא הגיע לכלא זה בטעות אלא כדי להבריח משם אסיר בשם וויסלר. האסיר הזה איכשהו מתקשר ל"חברה" והם ידעו שמייקל הוא היחיד שיוכל להבריח אותו ולכן גרמו לו להיכלא בסונה. מייקל בהתחלה לא ידע למה הם רוצים להבריח אותו וגם לא רצה לשתף איתם פעולה עד שנודע לו ששרה טנקרדי, אהובתו, ואל.ג'יי בנו של לינקולן מוחזקים אצלהם והם מאיימים להרוג אותם אם מייקל לא יבריח את וויסלר מסונה. הסוכנים של "החברה" לא משחקים ותמיד מוצאים דרכים להראות שהם רציניים ושהם באמת יהרגו את אל. ג'יי ושרה אם וויסלר לא יצא מהכלא. ובאמת לאחר אחד הניסיונות הכושלים של מייקל להבריח את וויסלר הסוכנת הראשית ששמה גרטשן (ולפעמים מוכרת כסוזן) מחליטה להראות שהיא רצינית והורגת את שרה. המוות של שרה מומחש ע"י כך שהוא שולחת אל לינקולן את ראשה ואומרת לו שאם וויסלר לא יוברח בקרוב אותו הדבר גם יקרה לבנו אל.ג'יי. בגלל שלינקולן ידע שמותה של שרה ישפיע רבות על אחיו מייקל הוא החליט לא לספר לו על כך ולהמשיך כאילו לא קרה כלום כדי שהוא ימשיך עם תוכנית הבריחה שלו מסונה יחד עם וויסלר וכך בנו אל.ג'יי יוחזר אליו. אך מייקל לא טיפש והוא מבקש מידי פעם תמונות עדכניות של שרה מהסוכנת גרטשן. גרשטן אכן מבינה ללינקולן תמונה של שרה אך היא תמונה ישנה ולינקולן יודע שזה לא יעבוד על מייקל והוא ישר יעלה על השקר ואכן זה קרה, ברגע שמייקל ראה את התמונה הוא מיד ידע שזוהי לא תמונה חדשה של שרה וביקש אחרת, לינקולן אז כבר לא התמודד עם המידע על מותה שרה והחליט לספר למייקל. לאחר הוידוי מייקל החליט שהוא לא מוכן יותר לעזור לוויסלר לברוח מסונה. אז במאמצים ובשכנועים רבים לינקולן מצליח לגרום לו להמשיך בתוכנית מפני שאל.ג'יי עדיין נמצא בסכנה. מייקל אכן ממשיך בתוכנית ולילה אחד הם מתוכננים לבריחה ואכן מצליחים לברוח, הוא, וויסלר ואלכסנדר מהון אשר מצא את עצמו בסונה לאחר שנתפס עם סמים שלינקולן ומייקל שתלו אצלו. נמלטים 3 מסתיימת בכל שהבריחה הצליחה, מתבצעת ההחלפה בין וויסלר לבנו של לינקולן, אל.ג'יי. אז מייקל הפגוע מחליט שזהו לא הסוף ושהוא ינקום את מותה של שרה ע"י מותה של גרטשן.