נמלטים עונה 3 I נמלטים עונה שלישית
נמלטים עונה 3 ממשיכה את עלילת העונה השנייה ובוססת סביב חייו של מייקל סקופילד ושאר האחרים בכלא סונה בפנמה. כלא זה אינו דומה לאף כלא אחר, הוא מכיל בתוכו את האסירים הכי מסוכנים שיש. גם הסוהרים אשר צריכים להשליט סדר בכלא התייאשו והחליטו שהם מעבירים את השליטה לאחר האסירים בכלא. שם האסיר הוא לצ'רו, מאותו הרגע הוא הפך להיות המפקד של הכלא, הוא קובע את החוקים ולפיהם חובה לציית כי מי שלא יציית דינו מוות. ישנם אסירים אשר חשבו שיהיה להם הכי טוב להתחבב על לצ'רו כדי שהוא יחוס עליהם ולא יפגע בהם אך מייקל סקופילד לא מיהר להתחבב עליו ודווקא לפעמים עשה להפך. התנהגותו של מייקל כלפי לצ'רו גרמה לפעמים לסכסוכים בין השניים שכמעט נגמרו במוות. בהמשך נמלטים עונה שלישית רואים את מייקל מנסה למצוא לעצמו דרך לברוח גם מסונה. אך במהלך שהותו שם הוא מבין שהוא לא סתם בכלא זה אלא "החברה" סידרה שהוא יגיע לשם מפני שהם רוצים שהוא יבריח משם אסיר בשם וויסלר והם ידעו שרק הוא מסוגל לעשות זאת. תגובתו הראשונית של מייקל הייתה שהוא אינו רוצה לעזור להם ולמה שהוא יעשה זאת אחרי כל מה שקרה. אך מהר מאוד הוא הבין שאין לו ממש ברירה מפני שהם מחזיקים את שרה, אהובתו ואת אל.ג'יי בנו של לינקולן בורוז אחיו כבני ערובה ואם הוא לא יעזור להם לחלץ את וויסלר מהכלא הם יהרגו את שרה ואל.ג'יי. לינקולן ומייקל התחילו לחפש תוכנית אשר תבריח את מייקל ווויסלר מהכלא. אחרי ניסיון ראשון כושל של מייקל לברוח עם וויסלר נגמרה הסבלנות לסוזן, סוכנת "החברה" והיא מחליטה להראות לאחים שהיא רצינית בכך שהיא רוצחת את שרה ושולחת את ראשה ללינקולן בתור מזכרת. מידי פעם מייקל מבקש תמונות עדכניות של שרה ואל.ג'יי כדי לדעת שהם חיים ולאחר מותה של שרה הוא מקבל תמונות ישנות שלה ומיד הוא עולה על זה ומבקש תמונות מעודכנות, לינקולן לא רצה לספר למייקל ששרה נרצחה מפני שידע שאם הוא ידע הוא לא ירצה להמשיך בתוכנית ולהבריח את וויסלר אך אחרי שהבין שמייקל יודע שהתמונות אינן חדשות החליט לספר לו על שרה. מייקל קיבל את הבשורה בצורה קשה מאוד ואכן באמת החליט שהוא לא מבריח את וויסלר. לינקולן ניסה בכל כוחו לשכנע את מייקל שחייב להמשיך עם התוכנית מפני שאל.ג'יי בנו עדיין מוחזק בידה סוזן וחייו בסכנה. לילה אחד מייקל מחליט שזהו הלילה בו הם יברחו, וכך באמת קרה, הוא, מייקל ואלכסנדר מהון הצליחו לברוח מסונה. לינקולן התאחד שוב עם בנו אל.ג'יי לאחר שהביאו לסוזן את וויסלר. הדברים נראו גמורים וסוזן עזבה את האחים במנוחה לאחר ההחלפה, אך מייקל מחליט שזהו לא הסוף ודורש לנקום את מותה של שרה. לינקולן מנסה לשכנע אותו לרדת מהרעיון וסוף סוף לחיות בשקט בלי לברוח על הזמן, אבל מייקל לא משתכנע ונחוש בדעתו לנקום, אך הפעם הוא לא רוצה את אחיו איתו, הוא חושב שזהו דבר שהוא צריך לעשות לבד.